La Dirección de Auditoría Interna tiene como objetivo esencial prestar un servicio de asesoría constructiva y de protección a la administración para que alcance sus metas y objetivos con la mayor eficiencia, eficacia y economía, proporcionando en forma oportuna la información, análisis y evaluaciones, comentarios y recomendaciones pertinentes sobre las operaciones que examina en forma posterior.

La Dirección de Auditoría Interna es la responsable de ejercer el control interno institucional y mantener actualizados los procesos y sistemas operativos del Ministerio de Educación, conforme a los lineamientos de auditoría gubernamental y, de acuerdo a las atribuciones que le otorga el Reglamento Orgánico Interno del Ministerio de Educación. 

Las funciones señaladas en el respectivo Manual, son orientadoras de las tareas que debe cumplir cada servidor público, para el logro de los objetivos señalados en los diferentes planes y programas de trabajo. 

Funciones específicas:

1. Asesorar  y apoyar al Ministerio de Educación en la definición de las políticas relativas al ejercicio de las funciones de orientación coordinación del sistema de control interno.
2. Asesorar a las dependencias del Ministerio en el efectivo ejercicio del control interno, cumplimiento de las disposiciones legales, aplicación adecuada de los procedimientos contables y observancia de las recomendaciones establecidas por la Dirección y mantener permanentemente informados a sus encargados sobre el estado de control interno de sus dependencias.
3. Planificar, organizar, coordinar y dirigir las actividades de auditoría interna, conforme a lo establecido en las normas emanadas de la Contraloría General de cuentas y los Reglamentos, Acuerdos y Procedimientos del Ministerio de Educación que regulan el funcionamiento de la Dirección, informando veraz y oportunamente al Despacho Ministerial.
4. Elaborar un plan anual de auditoría con base en los objetivos generales de la institución, así como las normas y criterios técnicos emitidos por la Contraloría General de Cuentas, para ejecutar oportunamente las auditorías planificadas.
5. Evaluar de manera permanente los sistemas integrados de administración y finanzas, herramientas tecnológicas y procesos de control interno.
6. Coordinar la elaboración y aprobación del plan de trabajo, plan operativo anual, memoria de labores y anteproyectos de la Dirección.

Son los informes de auditoría que contienen los hallazgos monetarios y de incumplimiento legal y, los que se desarrollan por las deficiencias de control interno en las direcciones generales de la planta central, de las direcciones departamentales de educación, los comités de finanzas y las juntas escolares de los centros educativos oficiales.

De conformidad con lo establecido en el numeral 23 del artículo 10: “Información Pública de oficio”, del Decreto No. 57-2008 del Congreso de la República, “Ley de Acceso a la Información Pública”, los referidos informes de auditoría han sido ubicados en el Portal WEB del Ministerio de Educación, en el numeral 23 de Auditorías Internas, del Acceso a la Información Pública, desde el mes de abril de 2009.

La Dirección de Auditoría Interna, realiza su trabajo en las unidades administrativas y ejecutivas del Ministerio de Educación, las cuales están ubicadas en la planta central y en los Departamentos de la República, así como en los centros educativos oficiales ubicados en los 22 Departamentos de la República.

Como proyecto está el de ampliar el alcance en la labor de fiscalización, contratando a profesionales de Auditoría y Contaduría Pública, con lo cual se dará cobertura a más unidades auditadas.

Actualmente se está desarrollando -con el apoyo de la Dirección de Informática, DINFO- un programa que permitirá la automatización de la elaboración de las auditorías y su seguimiento.