Hasta junio de 1991, funcionó como Supervisión Departamental de Educación, para la administración fueron creados dos distritos educativos 44 y 45 más el área urbana, que era cubierta por el Supervisor Departamental. El distrito 44 cubría los municipios de Mataquescuintla y San Carlos Alzatate y el Distrito 45 los municipios de San Pedro Pinula, San Luis Jilotepeque, San Manuel Chaparrón y Monjas. Posteriormente se crearon las Unidades Sectoriales Educativas, una en cada municipio.
De junio de 1991 a enero de 1997 funcionó como Dirección Departamental de Educación, pero como una extensión de la Dirección Regional con sede en Jutiapa, pues no había sido creado oficialmente la figura de Dirección Departamental. Sin embargo al ser suprimidas las USEs, se crearon las Supervisiones Educativas, una en cada municipio, con excepción de Jalapa donde se crearon dos en el nivel primario y pre primario y una en el nivel medio y en el municipio de Monjas donde también fueron creadas dos supervisiones hasta la fecha. Además en el año 1998 se crearon las Coordinaciones Técnicas Administrativas, sin suprimir las Supervisiones y a quienes desempeñaban puestos de capacitadores técnico pedagógicos, se les dieron funciones administrativas.
De enero de 1997 hasta la fecha, ha funcionado como Dirección Departamental de Educación, según Acuerdo Gubernativo 165-96, siendo su primer Director Departamental en forma Oficial el Lic. Porfirio Aldana.
A un inicio su organización constaba de cuatro unidades: Desarrollo Administrativo, Desarrollo Educativo, Planificación y Administración Financiera y Servicio a la Comunidad. Actualmente funciona por departamentos siendo: Departamento Administrativo Financiero, Departamento Técnico Pedagógico, Departamento de Fortalecimiento a la Comunidad Educativa.
Se cuenta en la actualidad también con un teléfono de planta el cual hace aproximadamente 10 días fue instalado siendo el: 4023-0621 en la Oficina de Atención al Público, atendía por Rudy Arbizu.
